Первые годы правления королевской четы еще во многом напоминают времена их предшественника — Генриха IV. Дворянские банды, возглавляемые духовными и светскими магнатами, хозяйничали по всему полуострову, занимаясь грабежами и насилиями, нарушая нормальное течение жизни. Но уже с самого начала дала себя знать твердая рука новых правителей страны, направившая свои удары в первую очередь против знати. Эта политика беспощадного террора находила себе поддержку в городских объединениях, располагавших и собственной военной силой и материальными ресурсами.
Уже в 1480 г. создалась "Святая германдада", представлявшая собой конфедерацию городов, объединившихся в борьбе против феодальной знати. Конфедерация кастильских городов располагала отрядом в 2 тысячи всадников и значительным количеством пехоты, которые и несли полицейскую охрану. Сторожевые посты расставлены были по стране через каждые пять миль и при первой же попытке грабежа или насилия начиналось преследование.
Германдада имела свой суд из представителей от городов; он немедленно приступал к разбору дела, вынося суровые приговоры, причем широко применялась смертная казнь. Решения суда были безапелляционны и тотчас же приводились в исполнение. Финансировалась эта организация теми же городами, которые ввели для этого особое обложение всего населения. Таким путем королевская власть получили готовую вооруженную силу, которая была широко использована как для полицейской охраны, так и для военных целей.
В 1488 г. "Святая германдада" была учреждена и в Арагоне. Уже в течение первых лет своего правления новые государи обрушились беспощадным террором на крупных феодалов, ликвидируя дворянские банды в Галисии, Андалусии и Кастилии. Многие поплатились своей жизнью, многие спаслись бегством, — замки их разрушали до основания, имущество конфисковывалось.
Одновременно началась и реорганизация самой системы управления, и важнейшие реформы были проведены уже на первых кортесах, созванных в Толедо в 1480 г. Несмотря на сопротивление знати, на этих кортесах был проведен ряд актов, лишавших знать права воздвигать новые замки, чеканить собственную монету. Королевские земли, захваченные самочинно или даже пожалованные прежними королями, были отобраны. Обширные владения духовно-рыцарских орденов точно также перешли в ведение короля, рыцари этих орденов были переведены на точно фиксированную пенсию и само управление орденами перешло в дальнейшем к королю Фердинанду, что было санкционировано и папской буллой.
Умиротворение страны и ликвидация дворянских разбойничьих банд обусловлено было организованным сопротивлением городов, а также мелкопоместного дворянства, поставлявшего главные военные контингенты для борьбы против ненавистных им крупных магнатов.